Η ταινία διαδραματίζεται στην Ιαπωνία και αφηγείται την ιστορία ενός Αμερικανού στρατιωτικού συμβούλου, του Νέιθαν Άλγκρεν. Ο λοχαγός Νέιθαν Άλγκρεν προσλαμβάνεται από τον αυτοκράτορα της Ιαπωνίας Μέιτζι για να εκπαιδεύσει τον σύγχρονο αυτοκρατορικό στρατό σε πολεμικές τεχνικές.
Ο Άλγκρεν αναλαμβάνει να εκπαιδεύσει και να ηγηθεί μιας ομάδας στρατιωτών εναντίον του Τελευταίου Σαμουράι, Κατσουμότο και των πολεμιστών του, οι οποίοι αρνούνται την κυριαρχία του Αυτοκράτορα. Κατά τη διάρκεια της μάχης, ο Άλγκρεν συλλαμβάνεται από τους Σαμουράι και μεταφέρεται στο χωριό του Κατσουμότο. Εκεί τον περιθάλπει η Τάκα, χήρα συγγενής του Κατσουμότο, και αρχίζει να παρακολουθεί τον τρόπο ζωής των Σαμουράι.
Καθώς ο Άλγκρεν αρχίζει να κατανοεί και να εκτιμά τις αξίες και τις πεποιθήσεις των Σαμουράι, γίνεται αποδεκτός από τον Κατσουμότο και τη φυλή του και γίνεται μέλος του χωριού.
Ο Άλγκρεν τελικά απελευθερώνεται από τον Κατσουμότο και επιστρέφει στον αυτοκρατορικό στρατό. Σοκαρισμένος από τον τρόπο με τον οποίο οι ηγέτες αντιμετώπισαν τους Σαμουράι, κάνει ό,τι μπορεί για να τους πείσει να διαπραγματευτούν αντί να πολεμήσουν.
Παρά τις προσπάθειές του, ο Αυτοκρατορικός Στρατός αρνείται να τον ακούσει και ακολουθεί μια τελική μάχη στην οποία οι Σαμουράι σχεδόν εξοντώνονται.
Ο Άλγκρεν τάσσεται εναντίον του αυτοκρατορικού στρατού και καταφέρνει να σώσει τον Κατσουμότο και τους εναπομείναντες Σαμουράι του από τον αφανισμό.
Η υπόθεση της ταινίας Τελευταίος Σαμουράι μιλά για το θάρρος, την τιμή, τη φιλία και μια εξερεύνηση της σύγκρουσης μεταξύ παραδοσιακού και σύγχρονου τρόπου ζωής.
Παίζουν: Tom Cruise, Ken Watanabe, William Atherton
